Secondary outputs not available for in-memory connection

added bug label

changed the description

Un nouveau bug celui là, le message ne me dit rien.
Tu as ça avec OTB 9, est-ce que c'est aussi le cas de OTB 8 ?

En fait c'est bon je viens de voir que c'est pareil dans OTB 8

Oui et pas de bug avec pyotb 1.5.4 (j'ai pas regardé si avec les versions 2 ça se reproduit)

Ah bon ! Alors là c'est plus étonnant... Output a toujours été un simple pointeur vers l'app parente, mais qui hérite de otbObject.

Donc ça doit venir du workflow d'exécution, y a toujours cette histoire de Execute vs ExecuteAndWriteOutput sur lequel on est revenu de nombreuses fois

Je ne comprends pas pourquoi tu n'aurais pas le bug avec pyotb 1.5.4, mais je présume que c'est parce que la manière dont on gérais ConnectImage / PropagateConnectMode à l'époque produisait un mode "mixte" ou l'Output intermédiaire était flush sur le disque.
Mais là je n'ai pas d'autre explications qu'un bug dans le streaming OTB avec les output "secondaires".

Bizarre ce bug, il faudrait voir si ça touche d'autres app que MeanShiftSmoothing.

Liste des apps multi output :

BlockMatching
ComputeModulusAndPhase
DimensionalityReduction
FineRegistration
HooverCompareSegmentation
ImageClassifier
LSMSSmallRegionsMerging
MorphologicalMultiScaleDecomposition
SARPolarMatrixConvert
SOMClassification
SpectralAngleClassification
StereoRectificationGridGenerator
TrainRegression

created branch 131-apps-with-multiple-outputs to address this issue

mentioned in merge request !117

mentioned in commit 82d5732c

J'ai mis ton code dans un nouveau test_chained_output mais j'aurai pas le temps de tester un fix avant la semaine pro

Bon @remi.cresson pour moi c'est clairement un problème dans OTB et pas pyotb.
Je reproduis le bug avec OTBApplication :

import otbApplication as otb

img = "SP67_FR_subset_1.tif"

ms = otb.Registry.CreateApplication("MeanShiftSmoothing")
ms.SetParameterString("in", img)
filt1 = otb.Registry.CreateApplication("Smoothing")
filt1.SetParameterInputImage("in", ms.GetParameterOutputImage("fout"))

filt2 = otb.Registry.CreateApplication("BandMath")
filt2.AddImageToParameterInputImageList("il", ms.GetParameterOutputImage("foutpos"))
filt2.SetParameterString("exp", "im1b1")

filt1.SetParameterString("out", "/tmp/filt1.tif")
filt1.ExecuteAndWriteOutput()
filt2.SetParameterString("out","/tmp/filt2.tif")
filt2.ExecuteAndWriteOutput()

Même erreur sur OTB 8.1 ou OTB 9.1 :

RuntimeError                              Traceback (most recent call last)
Cell In[27], line 11
      8 filt1.SetParameterInputImage("in", ms.GetParameterOutputImage("fout"))
     10 filt2 = otb.Registry.CreateApplication("BandMath")
---> 11 filt2.AddImageToParameterInputImageList("il", ms.GetParameterOutputImage("foutpos"))
     12 filt2.SetParameterString("exp", "im1b1")
     14 filt1.SetParameterString("out", "/tmp/filt1.tif")

File ~/Applications/OTB-9.1.0-Linux/lib/otb/python/otbApplication.py:2627, in Application.AddImageToParameterInputImageList(self, parameter, img)
   2626 def AddImageToParameterInputImageList(self, parameter, img):
-> 2627     return _otbApplication.Application_AddImageToParameterInputImageList(self, parameter, img)

RuntimeError: Exception thrown in otbApplication Application_AddImageToParameterInputImageList: ../Modules/Core/Wrappers/ApplicationEngine/src/otbWrapperInputImageListParameter.cxx:150:
itk::ERROR: InputImageListParameter(0x58132914e080): Image is null. Please check the upstream source.

Pour info ajouter ms.Execute() ou ms.PropagateConnectMode() en amont ne change rien.

J'ai également fait des tests avec DimensionalityReduction en pyotb, et en soit ce n'est même pas un soucis de streaming entre app.
En gros, dans le cas d'application multioutput, seule l'output "principal" semble être dispo pour la connexion in-memory. La sortie secondaire ne semble pas accessible tant que pas écrite sur le disque.

import pyotb
dr = pyotb.DimensionalityReduction(img)
dr["out"].to_numpy()  # fonctionne
dr["outinv"].to_numpy()  # erreur : "No input image"
dr["outinv"].write("/tmp/test.tif")  # fonctionne
dr["outinv"].to_numpy()  # fonctionne - donc seulement après flush sur disque

Je reproduis le bug avec OTBApplication

ah oui bien vu... je soumet un bug sur le gitlab OTB

Je regardais les issues existantes sur OTB, je ne sais pas trop, j'en créé une nouvelle ou je te laisse le faire (tu dois savoir où se situe le soucis dans le code python ou CPP) ?
Et est-ce que tu penses que ça peut être lié à https://gitlab.orfeo-toolbox.org/orfeotoolbox/otb/-/issues/2374 ?

changed title from Apps with multiple outputs to Secondary outputs not available for in-memory connection

Possiblement un soucis avec une origine commune #129

Issue posée

https://gitlab.orfeo-toolbox.org/orfeotoolbox/otb/-/issues/2431

Secondary outputs not available for in-memory connection

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