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src
www
README.md
functions_detectR.R
functions_graph.R
functions_import.R
global.R
server.R
tempo_ex.R
ui.R
README.md

appAlpha

ceci est un test.

Une appli web Shiny pour détecter les périodes de chaleur de Brebis - TechCare project v1.0.0

Analyse de données issues de ALPHA_box et ALPHA_App - UMR SELMET

Intégration d'un algorithme de détection de rupture dans un modèle de processus de Poisson marqué pour aide à visualisation.

License GPL-3 - INRAE MISTEA - 2023

Pour récupérer l'algorithme et voir les visualisations possibles, se référer au repository suivant: https://forgemia.inra.fr/isabelle.sanchez/alpha_project

Structure

appwow
|-->data
|-->src
    |-->server
        -->serverWelcome.R
        -->serverImport.R
        -->serverHowTo.R
        -->serverAbout.R
    |-->ui
        -->uiWelcome.R
        -->uiImport.R
        -->uiHowTo.R
        -->uiAbout.R
|-->www
->functions_graph.R
->functions_detectC.R
->global.R
->server.R
->ui.R

Reunion 21/04

A partir du rapport présent dans alpha_project, intégrer dans l'appli:

  • la fonction d'import des données de capteurs des chevauchements: importDataCapteur() OK

  • l'appel à la fonction dans la partie server avec en sortie:

    • onglet "table": le tableau en datatable() du fichier importé OK
    • onglet "graphs desc": quelques graphiques descriptifs OK
      • Distribution des durées de chevauchements pour chaque brebis: traduire titre, tourner les labels axe X en vertical ggplot2 (axe OK, titre à vérifier)
      • Distribution des durées de chevauchements des béliers OK (titre à vérifier)
      • Activité des béliers lors de la lutte OK
      • table des total chevauchements par bélier OK

  • changer les noms des variables reactives en accord avec les sorties obtenus (plotOutlier devriendrait plotDescChevBrebis) OK

  • tu peux supprimer des onglets de sorties en accord avec ton appli (uiImport.R) OK

  • Commencer à rédiger trame rapport OK

Reunion 26/04

  • changer labels Y des graphs à mettre en anglais OK , ainsi que nom colonne 1 dans le tableau des béliers (bas d'onglet) OK

  • changer copie d'écran dans le HowTo de l'exemple de fichier à importer (image à créer, à enregistrer dans le ss-rep ./www, puis changer appel dans uiHowTo.R) OK

  • mettre à jour la page d'accueil de l'appli en s'inspirant du voca utilisé dans la publi de Laclef et al. (cf. dans ./www) OK + intégrer une photo telle que tete2.png :-D OK

  • Débuter l'intégration de la metho de détection de ruptures

    • intégrer les fonctions dans function_detectR.R OK
    • intégrer l'appel de la metho sur mydata() dans serverImport.R: au début mettre des messages de contrôles qui apparaitront dans la log OK
    • dans un onglet "detection of ovulations": estrus?
      • intégrer en verbatim box1 ($outBH $outBH$S)
      • intégrer en verbatim box2 (out.rupture$lambda_n et out.rupture$mu_n)
      • intégrer en datatable box 3 le tableau des ruptures
      • intégrer le graph box4 (height=1200 en grand) en plotly des ruptures

  • appel library(tidyr) à mettre dans server.R et global.R aussi (et si possible, les mettre à côté de dplyr car ça concerne les mêmes types d'actions ;-) OK

truc extra-pro: OK

  • plusieurs personnels anglophone OK
  • réunions d'axe, de groupe de travail, de séminaires d'unité en anglais (j'ai assisté à 2 etc...) OK
  • lectures d'articles scientifiques OK
  • doc en anglais: shiny, shiny dashboard, OK

rajouter dans le § new skills: git + gitlab et en général les outils collaboratifs OK

Reunion 28/04

  • continuer rédaction rapport
  • Rajouter là où tu penses que ça aide à la compréhension des titres aux box titres à mettre en anglais
  • Intégration de la metho de détection de ruptures dans l'appli
    • remplir doc roxygen2 dans detectS_BH() manque alpha
    • dans un onglet "detection of ovulations": estrus?
      • créer des box (au moins 4) avec des titres
      • intégrer en verbatim box1 ($outBH $outBH$S) OK
      • intégrer en verbatim box2 (out.rupture$lambda_n et out.rupture$mu_n) OK
      • intégrer en datatable box 3 le tableau des ruptures OK
      • intégrer le graph box4 (height=1200 en grand) en plotly des ruptures s'affiche dans Viewer mais pas dans l'appli erreur : objet de type difftime
  • Modifier le Howto fait, à mettre à jour quand j'aurais réussi à enlever le Cleaning data
  • t'approprier le code en mettant des commentaires à toi
  • supprimer toutes les vieilles références à oriole et wow supprimer le Cleaning data
  • faire le diagramme OK

Réunion 09/05

  • continuer rédaction rapport

  • Rajouter là où tu penses que ça aide à la compréhension des titres aux box titres à mettre en anglais

  • dans panel "graph descriptifs":

    • rajouter les boxplots sans les outliers (faire un tri avant sur le dataset d'entrée puis refaire le boxplot - voir si dans le boxplot de ggplot2 il est possible de récupérer les infos de la boite à savoir qui sont les outliers, ceux qui sont à plus de Q3 + 1.5(Q3 - Q1)), autant sur brebis que sur celui des béliers
    • rajouter le grpah de la section du rapport 3.1.2 avec rajout du tri un peu particulier sur les temps de mesures où les chevauchements répondent au crit-re de Nathalie (critère visible dans 3.1.2 aussi)

  • Intégration de la metho de détection de ruptures dans l'appli

    • remplir doc roxygen2 dans detectS_BH() manque alpha
    • voir pourquoi le graph des ruptures n'apparait pas

  • Revoir structure de l'UI => par exemple simplifier en passant de item et subitem à 3 nouveaux items (import, desc, rupture)

  • si tout le reste OK: intégrer les infos de l'algo de Nathalie dans le graph des ruptures

Réunion 15/05

  • refaire les boxplots sans les outliers en déterminant le quantile et en changeant la limite de ylim
  • modifier la traduction d'ovulation et traduire le titre des boxs dans l'onglet Detection of ovulations
  • supprimer le box 1 dans Detection of ovulations
  • afficher le graph ggplot avec le critère de Nathalie
  • tester si l'appli focntionne avec tous les jeux de données

References

Tu peux trouver une "feuille de triche" Shiny dans Rstudio: Help -> "Cheat Sheets" -> "Web applications with Shiny"

Rapport et soutenance

  • rapport format libre. à rendre fin mai (au plus tard) car soutenance en juin => commencer à rédiger le rapport dès maintenant...
  • soutenance: 15 min de présentation + 10 min de questions avec diapos

Citation

You should cite the shiny and shinydashboard libraries:

citation("shiny")
citation("shinydashboard")

See also citation() for citing R itself.